En lien avec le climat méditerranéen, les régimes hydrologiques de l’Agly et de ses affluents sont caractérisés par des fluctuations saisonnières importantes. Alors que les pluies d’automne et de printemps peuvent provoquer des crues de grande ampleur, les sécheresses estivales rendent les étiages particulièrement sévères pouvant se traduire par des assecs prolongés durant l’été et l’automne.
Par ailleurs, jusqu’à la construction du barrage de l’Agly en 1994, les pertes karstiques situées sur l’Agly et le Verdouble à Estagel, provoquent naturellement un assèchement du cours d’eau jusqu’à la mer durant toute la période estivale.
L’Agly a un régime hydrologique « pluvial méditerranéen », caractérisé par des écoulements relativement faibles en moyenne mais sujets à de très fortes variations saisonnières. Le graphique ci-dessous montre les débits moyens mensuel de l’Agly au lieu-dit du Mas-de-Jau entre Estagel et Cases-de-Pène.
En comparaison avec les autres fleuves côtiers du pourtour méditerranéen, l’Agly bénéficie de moins d’eau que ses voisins. En effet, alors que le bassin versant de l’Agly lui apporte en moyenne 5,9 l/s/km2, ceux du Tech ou de l’Hérault apportent respectivement 12,9 et 16,3 l/s/km2. Cette différence s’explique notamment par une pluviométrie plus faible sur le bassin versant de l’Agly et un relief peu élevé.
Par ailleurs, le fonctionnement hydrologique du bassin versant est relativement complexe du fait de l’action conjuguée:
- de pertes et de résurgences karstiques sur plusieurs secteurs du bassin versant, notamment en aval d’Estagel où l’Agly perd environ 1 m3/s en été, de même que le Verdouble en amont entre Tautavel et Estagel.
- du barrage de Caramany qui joue un rôle de soutien d’étiage en été et de barrage écrêteur lors d’épisodes de pluies intenses.
Les épisodes de sècheresse sont ainsi fréquents sur le bassin versant. En effet, malgré la présence du barrage de Caramany, les assecs de l’Agly sont récurrents du fait de faibles précipitations estivales et des pertes karstiques importantes sur le Verdouble et l’Agly entre Estagel et Cases-de-Pène.
Des arrêtés de restriction de l’usage de l’eau ont ainsi été pris dans l’Aude et/ou les Pyrénées-Orientales concernant le bassin versant de l’Agly en 1998, 2001, 2005, 2007, 2008, 2012 et 2017.